如果腳臭是由足部真菌感染所引起(稱為香港腳,足癬)，那不及時控制可能會蔓延或波及其他部位，西醫的治療上以外用抗真菌藥物為主。
從臨床表現來看，此類腳臭可分為三型，治療方法也因型而異:
- 角化乾燥型：當腳臭者足部出現脫皮、裂口子的症狀時，屬於此型。對此類患者，用藥應以霜劑、膏劑為主；
- 水泡靡爛型：此類的腳臭者，患處滲水，對這類腳臭者就不能像角化乾燥型腳臭者那樣，使用刺激性過強或軟膏等藥物，而應先將患處處理得乾燥一點，然後再用粉劑藥物進行治療
- 間插型：即有的部位乾燥、脫皮，有的部位靡爛流水，此時就應根據具體情況用藥。
除了辨型用藥，患者還應在醫生的指導下完整療程用藥。許多腳臭患者只注重在急性期用藥，一旦症狀減輕便停止用藥，殊不知，腳臭極易復發，無論患者使用哪種藥物進行治療，都要堅持到足夠的療程才能徹底清除腳氣。
除了藥物以外，日常的足部保健對治療此類腳臭也非常重要。由於腳氣是由一種皮膚癬菌引起的疾病，而這種癬菌在比較潮濕、高溫的環境下更容易滋生。因此，人們應注意保持足部乾燥，選擇比較吸汗的襪子和透氣、寬鬆的鞋子；每天堅持洗腳，並擦乾腳和腳趾縫,避免真菌的孳生。
